Thuận Tông Hoàng đế lên ngôi còn nhỏ tuổi, mọi việc trong ngoài đều không nắm được, tất cả đều do Trần Nghệ Hoàng quyết định. Sau khi Nghệ Hoàng băng, Hồ Quý Ly nhân đó lãnh quyền lực tối cao. Hồ Quý Ly cho chép thiên Vô dật trong Kinh thư, có ý khuyên Hoàng đế không nên nhàn rỗi mà phải lo nghiên cứu học tập, sửa mình.

Năm 1396, Thuận Tông Hoàng đế xuống chiếu định lại cách thi cử nhân, dùng thể văn bốn kì thay cho thể ám tả cổ văn. Cụ thể là:

• Kì 1: thi một bài kinh nghĩa trên 500 chữ.
• Kì 2: thi một bài Đường luật, một bài phú trên 500 chữ.
• Kì 3: thi một bài chiếu chữ Hán, một bài chế, một bài biểu.
• Kì 4: thi một bài văn sách trên 1000 chữ.

Thuận Tông lại cho phát hành tiền giấy, lệnh cho mọi người đem tiền đồng đến quy đổi, 1 quan tiền đồng được 1,2 quan tiền giấy.[2]

Năm 1397, Hồ Quý Ly ép Thuận Tông rời đô về An Tông phủ Thanh Hóa. Nguyễn Nhữ Thuyết có thư can rằng: "An Tôn là đất chật hẹp hẻo lánh, cuối nước đầu non, nên với loạn mà không nên với trị, chỉ cậy hiểm được thôi". Nhưng Quý Ly không nghe, quyết định dời đô, đổi trấn Thanh Hóa thành Thanh Đô (清都), trấn Quốc Oai thành Quảng Oai, Đà Giang thành Thiên Hưng, định quan chức ở các lộ, phủ, bổ nhiệm các chức tổng quản, thái thú.

Lê Quý Ly còn hạ lệnh cho các lộ phủ đặt học quan, cho ruộng công theo thứ bậc khác nhau chi phí cho nhà học, hạn chế ruộng đất tư hữu, trừ các đại vương và trưởng công chúa, còn lại chỉ có số nhất định, thừa nộp cho nhà nước. Tình hình phương Nam lúc này cũng tạm ổn do các tướng Chiêm, trong đó có Chế Đa Biệt đem cả nhà sang hàng.

Năm 1398, Hồ Quý Ly ép Thuận Tông ngường ngôi cho Thái tử Trần An, lên làm Thái thượng hoàng và khuyên ông đi tu theo Đạo giáo. Chiếu nhường ngôi viết:

Trẫm trước vốn mộ đạo, không có bụng làm vua, không có đức mà tạm giữ ngôi thực khó làm nổi. Huống chi bệnh thần kinh thường phát ra, thờ cúng và chính sự đều không làm được. Lời thề nguyền trước trời đất quỷ thần đều nghe. Nay nên nhường ngôi để vững nghiệp lớn, Hoàng thái tử Án có thể lên ngôi hoàng đế. Phụ chính Thái sư Lê Quý Ly[3] là Quốc tổ Nhiếp chính. Trẫm tự làm Thái thượng Nguyên quân Hoàng đế, tu dưỡng ở cung Bảo Thanh để thỏa chí xưa.

Thái tử An lên ngôi, tức là Trần Thiếu Đế, mẹ là Khâm Thánh Hoàng hậu trở thành Hoàng thái hậu. Thuận Tông Hoàng đế được tôn hiệu là Thái thượng Nguyên quân Hoàng đế (太上元君皇帝).